Proces fermentacije se odvija kada kvasac i bakterije počnu da pretvaraju šećere i kiseline u sluzi kafe, generišući različite organske kiseline, ugljen-dioksid, etilni alkohol i druga jedinjenja u procesu; ovo se nastavlja sve dok im više ništa ne preostaje za rad ili dok im okolina ne postane negostoljubiva (na primer kada se kafa potpuno osuši do 11% unutrašnje vlage). Proizvođači obično pokušavaju da kontrolišu i moduliraju brzinu fermentacije koristeći otvorene rezervoare, kante, kanale za vodu i druge posude za zadržavanje kafe tokom ovog procesa ili različitim tehnikama tokom faze sušenja na podignutim krevetima ili terasama.
Anaerobna fermentacija se razlikuje u tome sto posude u kojima fermentiraju plodove od kafe uopšte ne sadrže kiseonik: Kiseonik se uklanja kad se kafa doda na početku procesa, a ventili na rezervoarima sprečavaju prodor kiseonika tokom procesa dok takođe omogućavajući oslobađanje CO2 tokom nakupljanja tokom fermentacije.
